Il Museo di Storia Naturale del Mediterraneo è iscritto all’Anagrafe Nazionale Ricerche (Cod. n. C119001H) e svolge attività di ricerca scientifica sul proprio territorio grazie alla collaborazione con le Università di Pisa e Firenze. I programmi di attività del Museo conseguono dalle funzioni di
- conservazione e studio del patrimonio naturale;
- ricerca sulle emergenze naturalistiche del territorio provinciale, regionale e nazionale con particolare attenzione alla biodiversità dell’ambiente mediterraneo;
- divulgazione scientifica e didattica delle scienze naturali e dell’educazione ambientale, formazione ed aggiornamento dei giovani;
- promozione e pubblicizzazione del complesso;
- conservazione, arricchimento e aggiornamento di tutte le aree espositive.
Presso i laboratori del museo si svolgono tesi di laurea e tirocini da parte degli studenti universitari che ne fanno richiesta in base alle diverse convenzioni esistenti con le Università toscane (Università di Pisa: Dipartimento di Biologia delle piante agrarie, Dipartimento di Scienze della Terra, Dipartimento di Biologia; Università di Firenze: Dipartimento di Biologia evoluzionistica “Leo Pardi”). Attività di ricerca attualmente in corso riguardano la raccolta e lo studio del comportamento alla germinazione dei semi della flora spontanea della provincia di Livorno comprese le isole dell Arcipelago Toscano in particolare Elba, Capraia, Gorgona e Pianosa. Sono attualmente in corso scavi archeologici presso la necropoli protostorica di Parrana San Martino (LI) per lo svolgimento dei quali il Museo è concessionario presso la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Toscana.
Le attività di ricerca sul territorio sono supportate dai gruppi di volontariato che contribuiscono ad incrementare le collezioni del museo quando non sono essi stessi gli attori principali di nuove scoperte.