Il Museo svolge attività di raccolta e studio e conservazione del germoplasma vegetale sulle isole dell’Arcipelago Toscano. Studi sul comportamento alla germinazione dei semi delle piante spontanee, come ad esempio il fiordaliso di Capraia (Centaurea gymnocarpa Moris et De Not.), vengono effettuati presso il laboratorio di conservazione del germoplasma vegetale in collaborazione con il Gruppo Botanico Livornese. Inoltre vengono svolte ricerche sulla biosistematica di alcune specie critiche o endemiche dell’arcipelago toscano, ne è un esempio la segnalazione di Stachys salisii Jord. et Fourr. come nuovo endemismo per l’Isola di Capraia.

Ricercatori del Museo a Pianosa (Arcipelago Toscano)