Il Museo di Storia Naturale del Mediterraneo è dotato di tre laboratori scientifici: Il laboratorio di genetica delle popolazioni, dove è possibile svolgere attività di biologia molecolare; il laboratorio di Botanica generale, attrezzato con apparecchiature adatte allo studio della biologia delle piante ed alla sistematica; il laboratorio di conservazione del germoplasma vegetale, dove vengono conservati i semi delle piante della flora spontanea del territorio della provincia di Livorno e vengono svolti studi sul loro comportamento alla germinazione.