Il centro espositivo, situato nei nuovi locali adiacenti alla Villa Henderson, ospita la Sala dell'Uomo al piano terra, la Sala dell'Uomo nel Mediterraneo e la Sala di Geopaleontologia al primo piano e la Sala di Zoologia dei Vertebrati al secondo piano.

Nella Sala dell'Uomo sono esposti numerosi reperti in calco ed originali che guidano il visitatore attraverso le fasi dell'evoluzione della specie umana dagli albori fino a Homo sapiens. Nella sala si possono osservare i manufatti litici autentici prodotti dagli uomini preistorici nell'area livornese durante il periodo paleolitico.

Il percorso prosegue al piano superiore con la storia dell'uomo dal periodo neolitico fino all'età del ferro.

Nella sala di Geopaleontologia è possibile seguire, secondo un percorso cronologico, l'evoluzione della vita sulla Terra. Numerosi reperti originali, provenienti ai monti livornesi, illustrano la storia del territorio e la sua lenta trasformazione.

Nella sala di zoologia dei vertebrati numerosi esemplari di animali impagliati, provenienti delle ampie collezioni storiche del Museo, illustrano al visitatore le caratteristiche di pesci, anfibi, rettili, uccelli e mammiferi del nostro territorio.