La maggior parte delle specie viventi appartengono alla categoria degli invertebrati che comprende un eterogeneo gruppo di animali.
Ne fanno parte individui acquatici e terrestri, sia primitivi, formati da poche decine di cellule, sia più evoluti, quali ad esempio gli insetti ed i crostacei.
La sala degli invertebrati è allestita in modo da permettere al visitatore di avere una panoramica generale sulle principali specie animali che appartengono a questo gruppo: il percorso si articola in due settori espositivi.
Il primo settore è dedicato agli invertebrati che vivono nei mari (poriferi, spugne, echinodermi, molluschi, celenterati); il secondo agli artropodi terrestri (coleotteri, lepidotteri, imenotteri, odonati, ortotteri, ditteri, rincoti, aracnidi).
Sono state scelte le classi più rappresentative di ogni phyla; ogni vetrina presenta gli esemplari che meglio caratterizzano la propria classe di appartenenza e sono presentati corredati da classificazione scientifica. E’ possibile avere un raffronto visivo diretto tra gli individui esposti e le informazioni contenute nei pannelli esplicativo-didattici che sono posti sullo sfondo di ogni vetrina.
Alcune vetrine contengono modelli in resina che mettono in risalto l’anatomia interna di questi animali, oltre a fornire ingrandimenti di dettagli nella realtà molto piccoli come ad esempio gli apparati boccali degli insetti. 
Ulteriori pannelli con fotografie affissi alle pareti offrono al visitatore immagini degli animali nel proprio ambiente naturale.